Управление МКОУ "Лодейнопольская средняя общеобразовательная школа №2 с углубленным изучением отдельных предметов" осуществляется в соответствии с Федеральный закон от 29.12.2012г. N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", Уставом и другими локальными нормативными актами ОО на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
В основу управления ОО положена четырехуровневая структура:
Первый уровень (уровень стратегического управления) - уровень директора и коллегиальных органов ОО.
Единоличным исполнительным органом ОО является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью ОО. На этом же уровне находятся коллегиальные органы управления, к которым относятся Общее собрание работников, Педагогический совет, Управляющий совет. Субъекты управления этого уровня обеспечивает единство управляющей системы в целом, определяют стратегическое направление развития ОО, всех его подразделений. 
Директор школы:
Исакова Ольга Анатольевна - 8 (81364) 2-19-33; lp-school2@yandex.ru

Положение об Общем собрании работников
Положение о Педагогическом совете
Положение об Управляющем совете
Второй уровень (уровень тактического управления) - заместители директора. Каждый член администрации интегрирует определенное направление согласно своему административному статусу. Этот уровень выступает звеном опосредованного руководства директора образовательной системой. Его главная функция - согласование деятельности всех участников процесса в соответствии с заданными целями, программой и ожидаемыми результатами, то есть добиваться тактического воплощения стратегических задач и прогнозов.
Заместитель директора по учебно-воспитательной работе:
Пюнненен Мария Сергеевна – 8 (81364) 2-10-83; lp-school2@yandex.ru
Заместитель директора по научно-методической работе:
Гришина Ирина Анатольевна – 8 (81364) 2-10-83; lp-school2@yandex.ru
Заместитель директора по воспитательной работе:
Русс Анна Александровна
Врио заместителя директора по воспитательной работе:
Назарова Вера Дмитриевна – 8 (81364) 2-20-74; lp-school2@yandex.ru
Заместитель директора по безопасности:
Дмитриева Светлана Александровна - 8 (81364) 2-20-74; lp-school2@yandex.ru
Заместитель директора по хозяйственной работе:
Горохова Наталья Анатольевна - 8 (81364) 2-55-01; lp-school2@yandex.ru
Третий уровень (уровень оперативного управления) – школьные методические объединения педагогов, социально-психологическая служба, педагог-библиотекарь, педагог-организатор и др. Взаимодействие субъектов управления этого уровня осуществляется через специализацию функций при их одновременной интеграции.
Четвертый уровень (уровень соуправления и самоуправления) - участники образовательных отношений: обучающиеся, родители (законные представители), педагогические работники. Развитие соуправления и самоуправления на этом уровне обеспечивает реализацию принципа демократического характера управления образовательной деятельностью.

В МКОУ "Лодейнопольская СОШ №2" структурные подразделения отсутствуют.